Hace unos años, dos filósofos de la biología, Paul Nelson del Discovery Institute, y Joel Velasco de Texas Tech, debatieron sobre el tema del diseño y la evolución. Nelson demostró magistralmente el diseño en la naturaleza. Por su parte, Velasco también proporcionó una excelente defensa de la evolución. Pero la afirmación epicúrea de que el mundo surgió por azar no es fácil de defender, y la tarea de Velasco fue necesariamente desafiante.

Considere, por ejemplo, que los genes huérfanos que explicó Nelson son un buen ejemplo de diseños taxonómicamente restringidos. Tales diseños no tienen sentido a la luz de la evolución, y aunque Velasco respondió con muchas refutaciones, ninguno fue muy convincente. Desde ese debate, el problema de los genes huérfanos ha empeorado, como lo destaca un nuevo estudio de los brochosomas.

Trasfondo
El término huérfano se refiere a un marco de lectura abierta de ADN, o [ORF por sus siglas en inglés], sin ninguna secuencia similar conocida en otras especies o linajes. Por lo tanto, ORFan, o «huérfano». Dado que los huérfanos son únicos de una especie o linaje en particular, contradicen el muy anidado modelo de jerarquía anidada de la ascendencia común.

El debate Nelson-Valasco
Velasco abordó el problema de éstos genes con varios argumentos. En primer lugar, aseguró a la audiencia que no hay mucho de qué preocuparse aquí porque «cualquier otro rompecabezas que hayamos encontrado en los últimos 150 años nos ha hecho aún más certeros de que ya sabíamos, que estamos todo relacionado».

En segundo lugar, Velasco argumentó que todo el problema huérfano es artificial, ya que no es más que un malentendido semántico: una confusión de términos. Estos no son más que marcos de lectura abiertos sin similitud significativa con cualquier secuencia conocida.

Tercero, Velasco argumentó que muchos de los huérfanos están tan categorizados simplemente porque la búsqueda de una secuencia similar se hace solo en especies «muy distantemente relacionadas».

Además, y cuarto, Velasco argumentó que los huérfanos no son más que un vacío en nuestro conocimiento. Porque cuanto más sepamos sobre una especie, más desaparecerá el problema huérfano. ¿Y de qué especie sabemos más? Nosotros por supuesto. Y no tenemos huérfanos: «Bueno, ¿y los humanos, sabemos mucho sobre los humanos? ¿Cuántos genes huérfanos hay en los humanos? ¿Qué piensas? Cero.»

De hecho, y quinto, Velasco argumentó que si bien se descubren nuevos huérfanos con cada nuevo genoma que se decodifica, la tendencia se está desacelerando y es sugestivo de que a la larga se encontrarán parientes de estos huérfanos: «De hecho, si se tiende al absoluto el número va en aumento, a diferencia del porcentaje de genes huérfanos en organismos, ese número está bajando».

Entonces, para resumir la posición de Velasco, el problema de los genes huérfano será resuelto, así que no te preocupes, pero en realidad los huérfanos no son un problema sino un malentendido semántico, pero por otro lado, el problema huérfano es consecuencia de datos genómicos incompletos, pero en realidad el problema es una consecuencia del conocimiento insuficiente sobre la especie y, en cualquier caso, aunque el número de huérfanos conocidos sigue en aumento, eventualmente desaparecerán porque los huérfanos como porcentaje de los datos genómicos generales (que ha estado explotando exponencialmente) están bajando.

Esta cadena de argumentos de evolución recuerda a la defensa del dueño del perro clásico: él no es mi perro, no te mordió, y le pegaste al perro primero de todos modos. Nada sorprendente, cada uno de los argumentos de Velasco falla, como expliqué aquí.

De hecho, hay muchos huérfanos, y si bien la función puede ser difícil de identificar, se ha encontrado para muchos huérfanos. Como la escritora científica Helen Pilcher explicó:

En los corales, las medusas y los pólipos, los genes huérfanos guían el desarrollo de células punzantes explosivas, estructuras sofisticadas que lanzan cápsulas llenas de toxinas para aturdir a sus presas. En el pólipo de agua dulce Hydra, los huérfanos guían el desarrollo de los tentáculos de alimentación alrededor de la boca del organismo. Y el gen anticongelante huérfano del bacalao polar le permite sobrevivir en el Ártico helado.

Esta reseña señala:

Los análisis comparativos del genoma indican que cada grupo taxonómico hasta ahora estudiado contiene 10-20% de genes que carecen de homólogos reconocibles en otras especies. ¿Estos genes ‘huérfanos’ o ‘taxonómicamente restringidos’ comprenden ORF espurios y no funcionales, o su presencia refleja importantes procesos evolutivos? Estudios recientes en metazoos basales como Nematostella, Acropora e Hydra han arrojado luz sobre la función de estos genes, y ahora indican que están involucrados en procesos adaptativos específicos de especies importantes.

Y esta es otra predicción fallida de la evolución, como explica este documento:

La frecuencia de creación de proteínas de novo ha sido debatida. Temprano se asumió que la creación de novo debería ser extremadamente rara y que la gran mayoría de todos los genes que codifican proteínas se crearon en los primeros años de la vida. Sin embargo, la era genómica temprana condujo a la idea de que los genes codificadores de proteínas parecen ser específicos del linaje. Hoy, con miles de genomas completamente secuenciados, esta impresión permanece.

¿Por qué entonces estaba Velasco tan seguro y casi indiferente en su argumentación? ¿Por qué estaba tan seguro de que, de una forma u otra, el problema de los genes huérfanos no era un problema? ¿Y por qué creía que hay cero genes huérfanos en los seres humanos, por lo que es simplemente una cuestión de estudiar biología, y los huérfanos se irán?

Estudio huérfanos de Lander

Podría deberse a un importante estudio de 2007 del grupo de Eric Lander que rechazó la mayor parte del gran número (varios miles) de huérfanos que habían sido tentativamente identificados en el genoma humano. El estudio concluyó con confianza que «la gran mayoría» de los huérfanos eran «espurios»:

El análisis aquí aborda un desafío importante en genómica: determinar si un ORF codifica realmente una proteína. Mostramos que la gran mayoría de los ORF sin contrapartes de especies cruzadas [es decir, huérfanos] son ​​simplemente ocurrencias aleatorias. Las excepciones parecen representar una fracción lo suficientemente pequeña como para que el mejor curso sea [sic] considerar tales ORF como no codificadores en ausencia de evidencia experimental directa.

Los autores pasaron a proponer que «es hora de llevar a cabo una revisión exhaustiva de los catálogos de genes humanos mediante la aplicación de este principio para filtrar las entradas».

Ese documento revisado por pares, en una revista líder, fue bien recibido (por ejemplo, Larry Moran lo llamó un «excelente estudio») y ciertamente parecía ser autoritario. Entonces, no es sorprendente que Velasco tenga confianza en los huérfanos. En apariencia, realmente no fueron un problema para la evolución.

Hubo solo un problema. Estaban equivocados.

No hubo evidencia científica de que esas secuencias humanas, identificadas como huérfanas, fueran «espurias». Los métodos utilizados en el estudio de Lander estaban llenos de suposiciones evolutivas. Los resultados dependen completamente de la evolución. Aunque el documento no lo declaró explícitamente, sin la suposición de la evolución, no se pudieron haber hecho tales conclusiones.

Esto es lo que los filósofos denominan carga de teoría. Aunque el documento concluyó autoritariamente que la gran mayoría de los genes huérfanos en el genoma humano eran espurios, esta no era una observación empírica o inferencia, como podría parecer a algunos lectores. Sus datos (y las revisiones propuestas a los catálogos de genes humanos), los métodos y las conclusiones estaban todos cargados, en su base, con la teoría de la evolución.

Entonces el argumento de Velasco fue circular. Para defender la evolución, afirmó que había cero huérfanos en el genoma humano, pero que el «hecho» era una consecuencia de suponer que la evolución es cierta en primer lugar. Si se descarta la suposición de la evolución, entonces no hay evidencia para esa conclusión.

Brochosomes
Como se señaló, desde el debate Nelson-Velasco, el problema de los huérfanos acaba de empeorar. Considérese, por ejemplo, los brochosomas que son intrincados, simétricos, gránulos secretores que forman recubrimientos super-grasos en los integumentos de los saltahojas. Los brochosomas se desarrollan en segmentos glandulares de los túbulos de Malpighian del saltahojas.

El componente principal de los brochosomas, como se muestra en un artículo reciente, son las proteínas. Y estas proteínas constituyentes, así como las proteínas asociadas al brochosoma, están codificadas principalmente por genes huérfanos.

Como explica el documento, la mayoría de estas proteínas «parecen estar restringidas a la superfamilia Membracoidea, y se suman a la creciente lista de casos en los que los genes taxonómicamente restringidos, también llamados huérfanos, codifican caracteres importantes específicos de los taxones«.

¿Y cómo surgieron todos estos genes huérfanos tan rápidamente? El documento plantea la hipótesis de que «es posible que la secreta exportada del organismo pueda evolucionar especialmente rápido porque no están fuertemente limitados por las interacciones con otros rasgos».

El hecho de que los evolucionistas puedan tan fácilmente alcanzar historias de este tipo, es otra ilustración de cómo las predicciones falsas no tienen consecuencias para la teoría de la evolución. Desde los tiempos de evolucionistas de Darwin han proclamado cuán importante es que la especie caiga en el patrón de descendencia común. Esto se ha celebrado especialmente a nivel molecular.

Pero, por supuesto, las especies no caen en ese patrón, y cuando se presentan contraejemplos obvios, como las proteínas brochosómicas, los evolucionistas no pierden un paso.

No hay contenido empírico para esta teoría. Las predicciones aclamadas como grandes éxitos y las confirmaciones de la verdad de la evolución de repente no significan nada y no tienen ninguna consecuencia cuando la falsación se vuelve inevitable.

Artículo publicado originalmente en inglés por Cornelius Hunter

Foto: Un saltahojas (Eupteryx aurata), por Sarefo [GFDL o CC BY-SA 4.0-3.0-2.5-2.0-1.0], de Wikimedia Commons.